今日のニェヤの場所には16世紀初頭から集落があったことが分かっている。ニェヤという川の名は、この地に先住していたフィン＝ウゴル系の民族の言葉からきていると考えられる。16世紀半ばにはこの地を通る交易路沿いの集落として栄えていた。
20世紀にはロシア帝国で鉄道投資が盛んになり、この地にも鉄道が通った。1906年にはサンクトペテルブルクからヴォログダを経てヴャトカ（現在のキーロフ）に至る鉄道が開通し、シベリア鉄道に向かう列車が通るようになった。この時にニェヤ川を渡る場所に小さな駅ができている。1905年には駅予定地の近くに英国企業が製材所を開業させ、駅の周囲には人が集まり始めた。
1929年にはニェヤ地区の行政中心地となり、1958年には市となった。
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