17歳の引きこもり少年・鴇谷春生は自分の名前に「鴇」の一字があることから、日本の特別天然記念物であり、絶滅危惧種であるトキ(学名:Nipponia nippon)にシンパシーを寄せ、またその「絶滅危惧種」=守るべきもののイメージを、自身が思いを寄せるかつての同級生・本木桜にも投影する。だがやがて「トキ=本木桜」に危機が訪れていると感じ始めた春生は、「トキ=本木桜」の救出のために「ニッポニアニッポン問題の最終解決」という計画を立て、その実行のために、2001年10月14日、新潟県佐渡にある佐渡トキ保護センターへと旅立っていく…。