初夏の鴨川沿いを二台の自転車が駆け抜けてゆく。制服の二人はやがて川に飛び込み遊び始める。泳げない瑞穂（於保佐代子）と、水泳部のエースである翔（高良健吾）。泳ぎ疲れた二人は日の当たる川辺に横たわる。海水パンツ一枚の翔の隣り、スカートを傍の草の上に干し、ブルマーとシャツで横たわる瑞穂はまだまるで少年のようだ。まだ互いを男女と意識していない子供のような仲の良さ……。
高校三年生の大島瑞穂の両親は別居中で、瑞穂はまだ幼い妹の治子と共に京都で母（風吹ジュン）と暮らしている。だが、彼女が肉親としてより親しみを感じていたのは、社交的な母の敦子よりも、今は大阪でひとり予備校教師として暮らしている寡黙な父の洋介（柄本明）の方だった。浴衣姿のカップルの並ぶ鴨川べりで、並んで座る瑞穂と父。その日、父が彼女に渡した物は、クーラーボックスに入った「ハリヨ」の稚魚。背中のトゲでその小さな身体を守る、清流にしか棲まない魚……。
母のギターの弾き語りをしている店で、アメリカのイラク侵攻のニュースが流れている。それに対するコメントを求められるが、答えようとしないチャーリー（キャメロン・スティール）。今は女子大で英語を教えているという、母のボーイフレンドと思しきこの男に反発する瑞穂だが、彼がその左足を引き摺っている事に気づく。
学生運動の中で出会い、結婚した両親。母の部屋の隅にはその頃のものが今なお捨てずに残してある。その中からみつけた、父のイニシャルが表紙に書かれた一冊のノート。其処に記された父が書いたと思しき詩を、瑞穂は一人読む。
別居中の両親の離婚は秒読み段階に入っていた。苛立ちをぶつけるように夜の学校のプールで水を蹴る瑞穂。息も吐かずに急いで前へ進もうとするから余計に進めない。彼女のその泳ぎ方は、彼女の生き方そのもののようだ。やがて訪れる瑞穂の誕生日、来ると約束した父は来ず、母の友人達がやってくる。家族のプライベートなはずのイベントにすら自分の友人を招いてしまう母に、苛立ちを覚えずにいられない瑞穂。記念写真を撮るとき、肩に回されたチャーリーの手に、耐え切れなくなった瑞穂は家を飛び出し大阪へ向かうが、仕事を終えて出てきた父に彼女より先に声を掛けたのは、父の今の恋人だった。自分の立ち位置を見失った瑞穂は夜の学校に翔を呼び出し、迫るが、翔は彼女を拒絶する。そしてある日、浄水器のコードを抜かれた水槽の中でハリヨも何匹かが死んでいた……。