ブロモドメイン
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| Bromodomain | |||||||||||
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 出芽酵母GCN5のブロモドメインのリボン図[1] | |||||||||||
| 識別子 | |||||||||||
| 略号 | Bromodomain | ||||||||||
| Pfam | PF00439 | ||||||||||
| InterPro | IPR001487 | ||||||||||
| SMART | SM00297 | ||||||||||
| PROSITE | PDOC00550 | ||||||||||
| SCOP | 1b91 | ||||||||||
| SUPERFAMILY | 1b91 | ||||||||||
| CDD | cd04369 | ||||||||||
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ブロモドメイン（英: bromodomain）は、アセチル化されたリジン残基を認識する、約110アミノ酸からなるタンパク質ドメインである。アセチル化リジンはヒストンのN末端テールなどに存在する。ブロモドメインはリジンのアセチル化の「リーダー」（reader）であり、アセチル化リジンが持つシグナルの伝達と、さまざまな正常・異常な表現型への変換を担う[2]。ブロモドメインのアセチル化リジンに対する親和性は、複数のアセチル化部位が近接して存在する領域でより高くなる。こうした認識はタンパク質-ヒストン間の結合やクロマチンリモデリングの必要条件となっていることが多い。このドメインは全てαヘリックスからなる4ヘリックスバンドル構造をとり、ヘリックス間のさまざまな長さのループによってアセチル化リジンを認識する疎水的ポケットが形成される[1][3]。
ブロモドメインを持つタンパク質
ブロモドメインを持つタンパク質は、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ活性、クロマチンリモデリング、転写の媒介やコアクチベーターなど幅広い機能を持つ。2015年時点で43種類のタンパク質がブロモドメインを持つことが知られており、そのうち11種類はブロモドメインを2個持ち、1種類には6個のブロモドメインが存在する[2]。ブロモドメインを持つタンパク質の調製、生化学的解析、構造決定による詳細な記載がなされている[5]。
BETファミリー
ブロモドメインファミリーの良く知られた例として、BET（bromodomain and extraterminal domain）ファミリーが挙げられる。このファミリーには、BRD2、BRD3、BRD4、BRDTが含まれる[6]。
その他
ASH1Lなどのタンパク質もブロモドメインを持つ。ブロモドメインを持つタンパク質の機能不全は、扁平上皮癌やその他のがんと関連している[7]。EP300やPCAFなどのヒストンアセチルトランスフェラーゼも、アセチルトランスフェラーゼドメインに加えてブロモドメインを持つ[8][9][10]。