ヘラクレイオンにはギリシャ人に「ヘラクレス神殿」として知られていたアメン神の大神殿があった。アメン信仰は年々盛行していった。
ヘラクレイオンは紀元前6~4世紀に栄えたことが考古学的発見によって明らかになっている。紀元前4世紀には時のファラオ、ネクタネボ1世によって多数の神殿が建立された[3]。
6~7世紀には大地震や洪水などの要因のため海の下に沈んだ。海底遺跡は2000年にフランスの考古学者フランク・ゴディオ(Franck Goddio) によって発見された[4]。それまでは多くの学者はヘラクレイオンとトロニスが同じ都市をあらわすことすら分からなかった。