2010年の国勢調査ではマノクワリ県は29郡(英語版)(Kecamatan)から構成されていたが、2013年にマノクワリ県の一部を分割して南マノクワリ県(Manokwari Selantan)、プグヌンガン・アルファク県(Pegunungan Arfak)が設立され、4地区がタンブラウ県に分割された。
マノクワリ県に残留した郡は9箇所であり、2010年の国勢調査による人口は以下のとおりである[2]。
| 名称 | 人口(2010年)[2] |
| Warmare | 6,192 |
| Prafi | 14,240 |
| Manokwari Barat | 74,996 |
| Manokwari Timur | 8,988 |
| Manokwari Utara | 2,248 |
| Manokwari Selatan | 13,256 |
| Tanah Rubuh | 2,114 |
| Masni | 13,540 |
| Sidey | 4,390 |
| 合計 | 139,964 |