チャートを構成する二酸化ケイ素は水への溶解度が低いが、温泉のように溶媒が高温である場合や、水素イオン指数が高い場合もしくは低い場合に溶解することがある[1]。ライニーチャートの堆積場は火山地帯に分布したと考えられており[1]、90 - 120℃程度の温泉水が複数回の氾濫を起こしていたと推測されている[2]。ライニーチャートにおける温泉水の噴出は断続的であったと見られており、厚さ約8センチメートルの層が合計53枚形成されたとされる[2]。
噴出した温泉水に含まれる二酸化ケイ素はライニーチャート植物群の植物細胞に浸透して析出・硬化し、鉱化化石を形成した[1]。こうした植物化石は内部組織の観察が可能なほど細胞レベルで保存されており、また植物体自体も立体的な形状を保っている[1]。ただし、植物体全体は保存されていない場合が多い[1]。
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