2014年、北海道大学に対して、2018年、札幌医科大学に対して大学が保管していたアイヌの遺骨の返還を求める訴訟を起こした。大学側とはそれぞれ和解が成立し、2019年までに約100体が故郷へ返還された[2]。
2019年、アイヌの遺骨と副葬品を保管していた東京大学に対して、返還を求める訴訟を起こした。ラポロアイヌネイションは、遺骨の所有権が「アイヌ民族のコタンにある」と訴えたことに対し、東京大学側は主張を否定して平行線をたどったが、2020年8月7日までに大学側が全ての遺骨と副葬品を返還すること、搬送費や再埋葬する墓地の造成費を負担すること、ラポロアイヌネイション側が損害賠償請求を放棄することで和解が成立した[3]。