イーペルで生まれた。はじめブリュッセルで財務省の役人を務めるが、余暇を植物園や自宅で植物学の研究に費やし、パルマンティエや、デヴォン（ Édouard Parthon de Von）らの植物学者や地方の園芸家と付き合った.[3]。
シャルル・フランソワ・アントワーヌ・モレンらと、1832年に月刊誌『ベルギーの園芸』（L'Horticulteur Belge）を創刊した。119点の手彩色の版画やリトグラフの図版と78点の風景版画が掲載された。1830年代以降のベルギーでは園芸の分野でイギリスが支配的であったのを打開するために、園芸業者と主要な植物学者が協力した時代であった[4]。ヴァン・ホウテは種子や園芸用具を売る店を開き、熱帯の植物がヨーロッパに急激に入ってきた時代は事業を成功させ、植物学の研究に十分な資金をもたらした。
結婚後1年で妻を失った失意から、デヴォンとベルギー国王のためにランの収集のためにブラジルに向った。1834年1月にリオデジャネイロに出発したが荒天でカーボベルデに留まり、1834年5月にブラジルについた。リオでコルコバードに登り、Jurujubaで採集を行った。荷役のための助手を雇い、ランの産地のオルガン山地を旅した。次にミナスジェライスを7ヶ月間探索した。マットグロッソ州、ゴイアス州、サンパウロ、パラナ州を訪れ、イギリスの植物収集家、ジョン・トゥイディー（John Tweedie）と出会い、一緒に採集旅行を行った。
1836年までブラジルでの旅行を行って帰国した後、ヘントに園芸学校を開き、園芸雑誌、"Flore des serres et des Jardins de l'Europe"を創刊した。この雑誌は1845年から1883年まで23巻が刊行され、2000以上の彩色図版が掲載され、ヴァン・ホウテの没後も刊行された。Adolf Papeleuと共同でヘント近くのGentbruggeに栽培園を設立し、成功した。
ヨーロッパの蘭愛好熱の高まりから、アメリカ大陸に多くの植物収集家を派遣し、ランや珍しい植物を探索させた。ヨーロッパの植物園のために植物を育成し、Eduard Ortgiesの助けを借りて、ヨーロッパ大陸で最初にオオオニバスの栽培に成功した。1870年代には栽培園は14ヘクタールの広さに達し、50の温室を備えるまで繁栄した。没後は事業は息子に引き継がれた。
