創建は774年。大三島の大山祇神社から勧請された[1]。勧請された当時、この辺りまで入り江が入り込んでおり、社地とした川中島が船形であったことから、他の三島神社と区別して船跡森三島神社と呼ばれるようになった[2]。現在でも社地は船形である。
1873年郷社に、1933年には県社となった[1]。
保内郷の総鎮守とされ、往時は摂杜9杜、末杜75杜を付属という[1]。境内にはカワウソの鴟尾や力石がある。
秋の神幸祭では、「御船」「四ッ太鼓」「唐獅子」「牛鬼」「五ッ鹿踊り」など、南予地方の練りが勢揃いする[3]。
