ボトルシップの起源は1800年ごろとされているが、不可能ボトルの起源は詳しくは分かっていない。ウィリアム・W・ブラウンという人物が1891年に「ビンの口径に近い太さの木とそれに刺さった木ねじ」という不可能物体の特許をとっている[1]ことが確認されていることから、少なくとも19世紀には存在していたといえる。
不可能ボトルを一般に知らしめたのはハリー・エンである。エンは生涯に600以上の不可能ボトルを創作した。また、「不可能ボトル」を意味する造語「Impossibottle」も彼が考えた[2]。
日本では不可能物体研究家の箕浦喜順とパズル作家の田守伸也が、不可能物体のクリエイターとして有名である[3]。
