1998年12月、福神株式会社と業務提携した。合併を前提とした提携であったが、前述のとおり、1999年10月に三共系のシンエー及び錦城薬品と合併し、ケーエスケーとなった。その後も暫時、福神との提携が続いたが、2003年に福神とアズウェルがアルフレッサ ホールディングスを設立したため、商圏（関西圏）が重複するため業務提携を解消した。
福神は、医薬品流通業界として珍しく武田・三共の売り上げが拮抗する会社であり、武田薬品から取締役の派遣を受けていた。2003年から武田薬品との交渉を進めたが、クラヤ三星堂（現・メディセオ）、ケーエスケーとの関係からなかなか進展しなかった。福神として関西圏では、武田薬品との取引があるケーエスケーとの合併のほうが武田流通が確保できる利点があったが、アズウェルと合併したため、関西圏での武田流通は望めなくなった。2007年4月、武田出身の渡邉新が社長に就任し、アルフレッサ関西圏の拠点に、武田の流通が開始され、関西圏での武田薬品の販売拡充が図られ、現在「メディパルホールディングス」と激しく拮抗しあっている。
