その年の10月。九州の関門トンネルで、青酸ガスによる大量無差別殺人が発生した。短時間で死傷者は約300人に迫る大惨事となった。事件の陰にテロリストの影を察した内閣は、閣内対策委員会と同時に特別捜査本部を設置する。公安特別捜査官の凄腕・鳴島小菊と神谷玄二郎たち捜査員が事件を追うが、やがて姿なき敵は50億円を日本政府に要求した。これに日本政府が拒否する中、犯人たちは都内の地下鉄に青酸ガスを流す第2の凶行に及んだ。被害者の総数が3千人を超す中、地下道の犯行準備の痕跡から、犯人の手掛かりを得た鳴島と神谷は正体不明のテロリストに向けて必死の戦いを続けるが……。