以下の分類はTree of Life Web Projectに基づくものである[1]。
- 桿線虫亜綱 Rhabditia:側系統群の可能性がある
- 旋尾線虫亜綱 Spiruria
- カイチュウ目(回虫目) Ascaridida[2]
- カマラヌス目 Camallanida:センビセンチュウ目に含まれる場合がある
- Drilonematida目:センビセンチュウ目に含まれる場合がある
- Oxyurida目 (=Rhabdiasida目)
- Rhigonematida目:以前はTylenchia亜綱に含まれていた
- センビセンチュウ目(旋尾線虫目) Spirurida
- ディプロガスタ亜綱 Diplogasteria:桿線虫亜綱に含まれる可能性あり
- Tylenchia亜綱:桿線虫亜綱に含まれる可能性あり
伝統的にカンセンチュウ目に分類されてきたいくつかの科は、クキセンチュウ目により近い可能性がある。クキセンチュウ目が独立の目として維持されるのであれば、この中に入るもの考えられる。これらは側尾腺(phasmid)を持つため、Phasmidianとも呼ばれる[1]。