同和加配教員をめぐる主なトラブルとしては、所属校よりも自分を推薦した同和団体に忠実で、校長や教頭の指示に従わなかったり、放課後の同和地区出身児童・生徒対象の補習にのみ出席し、通常時間帯は全く授業を行わない「幽霊教員」の問題などがある。そのほか、大阪府泉佐野市では、同和地区出身児童・生徒対象の特別授業において、同和加配教員が事前にテスト問題を漏らしていた不祥事や、福岡県の同和加配教員が同和地区も無ければ同和教育も行われていない岩手県盛岡市に「同和研修」と称してカラ出張に出かけていた不祥事などがある。