創建
創建時期は不詳[2]。延喜式神名帳にも祭神は「墨俣大神」とされているが、どの神に該当するかは不明である。天慶・天徳年間(938年-961年)の編纂とされる『美濃国神名帳』には「従五位下墨俣明神」とある[2]。
元は墨俣の渡船場の南にあった[2]。享保2年(1717年)、南宮大社の調査によって延喜式神名帳の墨俣神社と同定された[2]。
近代・現代
1873年(明治6年)、近代社格制度によって郷社に列せられた[2]。
明治時代には洪水被害を減らすために犀川改修工事が着工され、1935年(昭和10年)に現在地に移転した[3]。