1964年（昭和39年）大垣市で開校[1]。少子化による生徒数減少のため、2024年（令和6年）8月に系列校の大垣南自動車学校と統合[1]。大垣自動車学校が大垣南自動車学校に移転し、同時に大垣南自動車学校から大垣自動車学校に改称する[2]。
講習として、高齢者講習、企業向運転講習、ペーパードライバー講習を行っている。
2023年（令和5年）からは無人航空機（ドローン）の登録講習機関の大垣ドローンスクールを併設。一等無人航空機操縦士及び二等無人航空機操縦士の資格が取得可能。実技教習は揖斐郡揖斐川町坂内広瀬の遊らんど坂内スキー場跡地で行う[3]。
