大道寺政繁の長男の直繁は、北条氏の敗北後は高野山で蟄居処分となった当主に従った。北条氏はすぐに許されたが、直繁は北条氏に代わり関東の支配者となった徳川家康・秀忠に仕えた。直繁の子の繁久は秀忠の異母弟で越後高田藩主の松平忠輝付となったが、忠輝の改易により浪人した。繁久の子の重祐、いわゆる大道寺友山は江戸にて諸学問を、特に甲州流軍学を学び、安芸広島藩浅野氏、会津藩松平氏の客分を経て、越前松平氏の福井藩に迎えられ、主に軍学を講じた。友山の子孫は福井藩士となり、江戸留守居役などを勤めた。
直繁以降、この系は「孫九郎」を名乗っている。この「孫九郎」は、政繁以前から大道寺氏当主の名乗りであり、諸藩の分家は名乗らない。
尾張藩に仕えた大道寺氏は、大道寺政繁の次男大道寺直重が、北条氏滅亡後に加賀前田氏を経て徳川家康の四男で尾張49万石を与えられた松平忠吉に2000石で仕えたのに始まる。忠吉時代の居城は清須にあり、直重の屋敷跡周辺は今も清須市清洲町字大道寺という。
忠吉死後、尾張は家康九男徳川義直に与えられたが、直重は引き続き義直に仕える。大坂の陣を経て500石が加増され、都合2500石となる。
政繁の四男直次は母方の「遠山」姓を名乗り、諸家を渡り歩いたのち1千石の幕府旗本として登用され、先手弓頭を勤めている。のち大道寺姓に復姓している。
大道寺政繁の養子（室の連れ子）の隼人直英（舎人経忠の子）は尾張藩に仕えていたが、名古屋城築城に関与した後、弘前藩主津軽信枚に請われて移籍し、弘前城築城の縄張役を務めたのちに弘前藩家老となった。子孫は代々弘前藩家老職を務めた。
