駅舎は「JRハウス子ノ口」となっており、売店、待合スペースがある。管理運営は「十和田湖ふるさと活性化公社」が行っており、売店窓口でレンタサイクル受付も行う。
また駅舎裏にバス駐車場があり、子ノ口折り返し便が運行される場合の待機スペースになっている。
- のりば
- 1番のりば - みずうみ号・おいらせ号十和田湖行
- 2番のりば - みずうみ号焼山・青森駅行、おいらせ号八戸駅行
- かつては3番のりばもあったが、現在は撤去されている。
- 現在休止中の十鉄バス十和田湖観光線については当駅構内の乗り入れず、子ノ口湖畔食堂前にあるバス停での乗降扱いとなっていた。
