合法常駐スパイの長所と短所は、一般的に非合法常駐スパイのそれと逆である。合法常駐スパイは外交特権を有するという利点がある一方、受け入れ国にとっては明確に外国人であり、限られた数の外交官の一人であるという不利がある。そのため、防諜機関にとって、その諜報的立場を把握したり疑ったりするのは容易である可能性がある。逆に、非合法常駐スパイは受け入れ国において外国人として知られていないという利点があり、数百万人の一般市民の中に紛れ込むことができる。その不利は、逮捕された際に外交特権に頼ることができない点にある。
合法常駐スパイは「公的」な活動の一環として受け入れ国の高官と接触する機会があるが、非合法常駐スパイにはそれがない。しかし逆に、非合法常駐スパイは、外国人外交官と関わることを嫌がる潜在的な情報提供者にも、比較的容易に接触できるという利点がある。
また、非合法常駐スパイは、外交関係が断絶した場合でも受け入れ国に留まることができるが、合法常駐スパイは外交使節団とともに退去を余儀なくされる。合法常駐スパイの給与は外交官の給与体系に公然と組み込むことができるため、支払いは容易である。これに対し、非合法常駐スパイへの給与手配は難しく、しばしばより高額で複雑な偽装工作を要することがある。諜報機関は、受け入れ国の組織や企業に報酬を支払い、非合法常駐スパイをその職員として装わせ、名目上その組織や企業から給与を受け取る形を取らせる場合がある。
合法常駐スパイは、安全な通信、会合、その他のサービスに関して大使館施設を全面的かつ公然と利用できる。一方、非合法常駐スパイはそのような施設をほとんど利用できず、通信の手配は困難で時間を要する。非合法常駐スパイは通常、偽造された経歴を持つ。合法常駐スパイもまた、外交官としての経歴を記録した公的な経歴を持つため、その情報が防諜機関に諜報活動や人脈に関する有用な手掛かりを与えるリスクがある。