一乗院日円により正安元年(1299年)に開かれた。当初は西久保(現在の港区虎ノ門)にあったが、江戸時代初めの承応2年(1653年)3月に現在の地に移転した。池上本門寺の末寺となる。江戸時代中期の延享2年(1745年)の大火に巻き込まれたとき、山門、仁王門、鐘楼は焼失を逃れ現存する。類焼した本堂は天明元年(1781年)に再建されたものである。
明治初期より明治37年(1904年)立正大学の前身である大檀林が当寺院に置かれた。
現在までに3名が当寺院の住職より大本山である池上本門寺の貫首となっている。
第55代内閣総理大臣石橋湛山の母親の実家である石橋家は承教寺の檀家だった。