台湾総督府令第12号により名称及び位置が定められ[4]、改制により各撫墾署に出張所が設置された。
| 名称 | 署長(1897年2月時点) | 位置(1896年時点[4]) | 出張所(1897年改制後) |
| 叭哩沙撫墾署 | 小野三郎 | 台北県宜蘭支庁叭哩沙 | 天送埤出張所、白米甕出張所 |
| 大嵙崁撫墾署 | 宮ノ原藤八 | 台北県大嵙崁 | 屈尺出張所 |
| 五指山撫墾署 | 山口義耀 | 台北県新竹支庁五指山 | 十股庄出張所、内湾出張所、上坪出張所、大河底出張所 |
| 南庄撫墾署 | 水間良輔 | 台北県新竹支庁南庄 | 加礼出張所、大東河出張所 |
| 大湖撫墾署 | 椙山清利 | 台北県苗栗支庁大湖 | 獅潭出張所、八角林出張所、水尾出張所、南湖出張所 |
| 林圯埔撫墾署 | 齊藤音作 | 台中県雲林支庁林圯埔 | |
| 東勢角撫墾署 | 欠員 | 台中県東勢角 | 大茅埔出張所 |
| 埔里社撫墾署 | 桧山鉄三郎[注 1] | 台中県埔里社支庁埔里社 | 蜈蚣崙出張所 |
| 恆春撫墾署 | 安積五郎[注 2] | 台南県恆春支庁恆春 | 内埔出張所 |
| 蕃薯藔撫墾署 | 川上親賢 | 台南県蕃薯藔 | |
| 台東撫墾署 | 相良長綱[注 3] | 台南県台東支庁台東 | 花蓮港出張所 |