1957年に最初のジュニアゴルフ選手権が開催されたが、当時はJGA非公認の大会で、参加も男子のみだった[1]。
1969年に女子大会も開催がスタート[1]。1995年以降、正式なJGA主催大会[1]として毎年、埼玉県川越市の霞ヶ関カンツリー倶楽部で固定開催されている。
2016年は女子の部のみ東京ゴルフ倶楽部で開催される。
2020年は新型コロナウイルス感染拡大に伴い中止[2]。
2007年には総務省・文部科学省の「スポーツ拠点づくり推進事業」に承認されている。
2025年には高ゴ連主催の全国高校選手権・全国中学校選手権個人戦を統合して実施[3]