刊行時の内容説明によれば、日本史の全領域と関連諸分野を対象とし、約2,700名が執筆に参加した[1]。全4巻の総項目数は約27,000で、約3,000点のカラー図版と30件の特集項目を収録する[2]。
日本史を世界史、特に東アジア世界との関係から扱う編集方針を掲げ、アイヌや琉球の地域史、女性史、近・現代史を採録対象に含めた[2]。「いじめ」「過労死」などの近現代社会に関する用語も収録している[2]。
本文は五十音順に配列され、難解な文字には読み仮名を付し、各項目の末尾に参考文献を掲げる形式を採る[2]。通常の項目のほか、「印刷」「漫画」などを主題とする特集項目が設けられている[2]。
