1941年に発行された台湾仏教名蹟宝鑑[1]によると、当寺は
はじめ日本統治時代の1905年(明治38年)に臨済宗妙心寺派の布教所として開設され、後に台湾総督府鉄道部運輸課長村上彰一の発起により集められた鉄道部職員の寄付をもとに本堂が建立された。1934年に改築を行った際、村上彰一の諡号を元に鉄真院と命名され[2]、鉄道部職員や地域住民の信仰を集めた。
日本の太平洋戦争敗戦に伴って一時廃寺となったが、1949年にチベット仏教ゲルク派の活仏(甘珠爾瓦呼圖克圖)が入り「普済寺」と改名した。[3]その後、1969年に禅宗の僧が入り現在に至る。