安永8年6月27日（1779年8月9日）[3][4]、有馬頼貴の三男として出生[1][3]（夭折した男子が1人いるため、四男と記されることもある[4]）。母は高木氏[1][5]。
兄の頼善が狂気によって廃嫡されたため[4]、寛政5年（1793年）3月25日、父頼貴の嫡子となる[1][6]。同年9月15日、将軍徳川家斉に拝謁する[1]。同年12月26日、従四位下上総介に叙任する[1]。
しかし、家督を継ぐことなく、文化元年（1804年）12月22日に没した[3][7]。享年26[4]。
頼端の死により、頼端の長男の新太郎（のちの有馬頼徳）が久留米藩の嫡子と定められた[4]。