2000年度から2007年度までは「未踏ソフトウェア創造事業」という名称であり、採択年齢を20代前半に限定した未踏ユースも実施されていた[1]。
2008年度以降、名称を「未踏IT人材発掘・育成事業」に改称し、2010年度以降は旧未踏ユースの仕組みが統合された[1]。
2017年度より「未踏アドバンスト事業」を開催[1]。
2018年度より量子コンピュータの活用を目的とする「未踏ターゲット事業」を開催[1]。
提案者(未踏クリエイター)が、自身発案のプロジェクトを提案し、PM(プロジェクトマネジャー)が採択・指導するという形式で実施されている。