東京府東京市神田区で松本孝八の子として生まれる。1888年(明治21年)、第一高等中学校に入学し、1893年(明治26年)に卒業した。同年、東京帝国大学文科大学哲学科に入学し、1896年(明治29年)に卒業。同大学院で心理学を専攻し、元良勇次郎の指導を受けた。1899年(明治32年)、東京高等師範学校の講師となり、翌年には教授に就任した。また高島平三郎とともに雑誌『児童研究』を発行した。
1906年(明治39年)に両江師範学堂に総教習として招かれるが、辛亥革命後に帰国した[2]。
昭和7年6月9日没。享年63。戒名は精良院孝誉智賢居士。墓所は雑司ヶ谷霊園。
息子の松本神三郎は眼科医となり、長岡赤十字病院などで務めた。