哲学者三木清の娘、東京大学農学部助教授（当時）東畑精一の姪として1930年（昭和5年）、東京に生まれる。1954年（昭和29年）、東京大学国史学科卒、1956年（昭和31年）、同大学大学院修士課程修了、同年より三度にわたってオランダに留学。
中央大学講師を務め、1987年（昭和62年）、夫の東京大学文学部教授永積昭の死後、東京大学文学部教授となり、東京大学文学部の初の女性教官となった。1991年（平成3年）、初の単著『近世初期の外交』で第3回和辻哲郎文化賞学術部門を受賞[1]。同年、定年退官後は城西大学経済学部教授、その後東洋文庫研究員だった[1]。
1990年（平成2年）、東京大学より文学博士の学位を取得、学位論文の題は「近世初期の外交」[2]。
専門は近世通交貿易史で、近世初期平戸オランダ商館の記録を調査、翻訳した。
いくつかの著書・論文で共著者・共訳者の一人となっている速水融（慶應義塾大学名誉教授）とは、速水の父親である速水敬二（東畑精一の弟で三木清の京大哲学科での後輩）が三木の妻の実兄に当たり、従兄弟の関係にあたる。（→詳細は東畑精一の家族・親族を参照。）
