寿永2年(1183年)の倶利伽羅峠の戦いの際、平維盛が津幡川に面した小高い丘に砦を設けたことに始まる。建久元年(1190年)には、井上庄の地頭津幡隆家が居城とした。
観応2年(1351年)には、富樫氏春がこの城で、桃井直常軍と戦っている。
天正4年(1576年)から一向一揆が立て籠もっていたが、天正9年(1581年)織田方の柴田勝家らによって落城した。
天正12年(1584年)佐々氏と前田氏の間に緊張が高まると、前田利家が再び築城。弟の前田秀継に守らせている。9月、末森城包囲中の佐々軍攻略の軍議をここで開く(末森城の戦い)。天正13年(1585年)、前田秀継が木舟城に移ると廃城となった。