1966年（昭和41年）に宇治市立木幡小学校建設が予定されることになり、1967年（昭和42年）1月26日から2週間の予定で学校予定地の試掘調査が行われた。終了予定の2日前に礎石1点が発掘されたことをきっかけに、三昧堂跡が発見された。その結果、小学校校舎は寺跡の南端よりさらに南に建設し、寺跡は校庭とし、遺跡全体は校庭地下に保存することとなった。
この後、浄妙寺は2度の再発掘が行われ、1回目は1990年（平成2年）、2回目は2003年（平成15年）度から4か年計画で、いずれも夏休み期間中のみに実施された[5]。
