金融機関が自社で保管する場合には、顧客の持ち分である有価証券の保管場所と自身の持ち分である有価証券等の保管場所を明確に区分し、各々の顧客の持分について、自社の帳簿で直ちに判別できる状態で保管することにより管理する必要がある[7]。一方で、金融機関が第三者に保管させる場合には、第三者において、金融機関自身の取引の口座と顧客のための口座を区分する等の方法により、顧客の有価証券に係る持ち分が直ちに判別でき、かつ、各々の顧客の持分が自社の帳簿により直ちに判別できる状態で保管させることにより管理する必要がある[5][7]。