姫路師管は1945年1月22日制定(24日公布)の昭和20年軍令陸第1号による陸軍管区表改定によって、2月11日に廃止された[4]。同時に新設されたのが長野師管で、留守第54師団は移動して東部軍管区司令部の下に入り、長野師管を管轄することになった[5]。
1945年2月9日制定(10日公布)の昭和20年軍令陸第2号で、臨時的性格の留守師団をやめ、常設の師管区部隊をおく制度が定められた[6]。同日の軍令陸甲第25号により、留守第54師団司令部に4月1日をもって長野師管区司令部に改称するよう命じられた[7]。留守第54師団の司令部と各部隊は3月31日に復員(解散)した[2]。