矮小楕円銀河は、おそらく宇宙のかなり初期から存在する天体である。現在広く受け入れられている標準宇宙理論によると、ダークマターやガスから構成される小さな天体が最初に形成される。重力相互作用により、それらのいくつかは融合、合併してより質量の大きい天体を作る。更に融合が進むとさらに質量の大きな天体が作られる。
融合の進展によって今日の銀河が形作られたと考えられており、「階層的合併」と呼ばれる。もしこの仮説が正しいとすると、矮小銀河は今日の巨大銀河の構成要素になりうるということになる。
別の仮説では[4]、矮小楕円銀河は低質量の渦巻銀河が巨大銀河と相互作用を繰り返して丸い形になった残骸であるとされる。銀河同士の相互作用によって銀河の形態を変えるこの過程は「銀河ハラスメント」と呼ばれる。この後者の仮説の証拠は、渦巻銀河のディスクや渦状腕の形に表れる。この仮説の下では、ディスクと腕は渦巻銀河の元々のディスクから変形を受けた形であり、同様にディスクや腕の小さな残骸が影響を受けた矮小楕円銀河の中に埋め込まれることになる。