上記の経緯を踏まえ、神変自源流には次のような特徴がある。
第一に、基本的に全ての形の構成は単独での稽古を旨としており、発展的な稽古を行う際を除いて、一人で行うものである。
第二に、天眞正自源流の技法を中核としつつも、上野新陰流の要素を取り入れたことにより、新陰流系の技術を多く含む。同時にあくまでも自源流が主であるため、新陰流を仮想敵として想定された技術も工夫されている。
第三に、流派創始時に流行していた居合諸流派の技術を取り入れているため、本流の天眞正自源流には見られない座業の形も含まれている。
第四に、血流しと呼ばれる独特の残身を行う。これは敵を斬ったのち、切っ先を地に向けた太刀を眼前に持ち上げ一拍置くもので、他流には見られないものである。
神変自源流はこれらの特徴を有する形から成り立っており、初伝・中伝・奥伝・皆伝の四段階を制定している。