糖化菌の1つであるポリファーメンチカス菌（Bacillus polyfermenticus）には、過敏性腸炎、潰瘍性大腸炎、クローン病といった腸の症状の背景にある腸粘膜の炎症の治癒促進をする作用があり、コレステロール、中性脂肪の抑制作用も確認されている。
また納豆をつくるときに使われる「納豆菌（Bacillus natto）」も糖化菌であり、乾燥した芽包生菌の状態で存在可能で、胃酸の強い酸性、アルカリ性、熱やタンパク質の変性の影響を受けずにほぼ100%安定した状態で腸まで届く。
糖化菌は単独で整腸作用、瀉下作用の目的で日本では医薬品として使われている歴史があり、薬局で処方箋なしに購入できる。
