一方、砦を落としたらすぐに退け、という大将柴田勝家の命令を実行せず大岩山に野営していた佐久間は、秀吉が既に木之本に迫っているとの情報に驚き、慌てて撤退を試みたが、秀吉によって追撃がなされ総崩れとなり敗走し、これが柴田全軍の撤退につながった。佐久間は秀吉軍が戻って来ることを知っていたが、その行軍の速さを驚いたという。
さらに、越前府中(武生市)を領していた柴田与力の前田利家などが戦線を勝手に離脱し、のちに秀吉軍の先鋒となって柴田を攻めた。秀吉方は柴田勝家本拠の北庄城(福井県福井市)を4月24日に落城させた。柴田は妻のお市の方とともに自害し、お市の連れ子であった娘3人は秀吉方に保護された。