小樽はかつてニシン漁で栄えた町である。昭和中期以降は漁獲高が激減したものの、種苗放流事業や漁業規制によって、2010年頃から石狩湾沿岸にニシンが戻って来るようになった[3]。ニシンの産卵時に海面がニシンの放精で白く染まる「群来（くき）」も毎年のように見られるようになった[3]。
そこで、小樽で再び獲れるようになったニシンを皆に食べてもらえるようにと、2015年1月に、小樽市祝津のニシン漁師の妻2人が考案した料理が、群来太郎丼である[3][4]。ニシンの苦手な人や子供にも食べてほしいとの考えから、ニシンの小骨を衣の食感で目立たなくさせ、食べやすくするように工夫が為されている[1]。
名称は、札幌在住の漫画家の田島ハルが、祝津の魅力の発信を目的とする特定非営利活動法人「おたる祝津たなげ会」から、地元のイベント開催に際してニシンのキャラクターの製作の依頼を受けて、2013年に製作したキャラクター「群来太郎」に由来している[3]。
同2015年に、後述する「おたる祝津にしん群来祭り」「しりべしローカルフードチャレンジ」で、群来太郎丼が好評を博したことから、これを地元の新たな名物するとの声が高まった[5]。2016年（平成28年）に[2]、漁業者、加工製造業者、飲食・宿泊業者らの連携により[5]、小樽産ニシンの消費拡大を目的とした普及団体「小樽群来太郎丼普及活動実行委員会」が発足され[2]、祝津の民宿青塚食堂やホテルノイシュロス小樽など[4]、小樽市内の飲食店9店が提供が始められた[2]。
