1987年に県に「こころ豊かな人づくり懇話会」が設置され、1988年の「こころ豊かな人づくり全県フォーラム」の提言を受けて同年から実施されるようになった[2]。その後、1991年からは全公立小学校で実施されるようになった[1]。
公立学校と義務教育学校の5年生を対象とし[1]、原則全員参加であり[2]、但馬・播磨地域や淡路島などの山や海に面したエリアで体験活動施設あるいは民宿を利用して実施される[1]。
1994年には自然学校事業の中核施設として朝来郡山東町（現・朝来市）に兵庫県立南但馬自然学校が開校した[2]。
