2002年より、科学研究の基礎となる動物、植物等（バイオリソース）の収集・保存・提供・研究を行う文部科学省のプロジェクトの1つナショナルバイオリソースプロジェクトにて、メダカの研究代表者となる。
メダカの研究を行う内に、皮膚の色素が少ないメダカの系統を選び、交配を重ねることによって、解剖を行わなくても内臓を詳細に観察できる透明メダカを開発した。これにより、生きている生物の内臓の様子をそのまま研究できるという新たな手法をもたらした[1]。
現在、透明メダカは河川の汚染状況の評価や、毒性評価など様々な研究に用いられている。