日本陸軍の内地19個師団体制に対応するため陸軍管区表が改正（明治40年9月17日軍令陸第3号）され[1]、1907年10月1日、高瀬連隊区を新設し第18師管第24旅管に属した。その管轄区域は陸軍管区表（明治40年軍令陸第3号）により次のとおり定められた。管轄区域は久留米連隊区・熊本連隊区から編入して形成された。
- 菊池郡・鹿本郡・玉名郡・天草郡
日本陸軍の第三次軍備整理に伴い陸軍管区表が改正（大正14年4月6日軍令陸第2号）され[2]、1925年5月1日に高瀬連隊区は廃止された。旧管轄区域は熊本連隊区に編入された。