千葉県香取市と旭市に源を発し、香取市志高および香取市府馬や香取郡東庄町東和田からの支流を合わせ、北流し香取市小見川の市街地を流れる。小見川の市街地を過ぎ流れを東に転じ利根川に沿って東流し、東庄町新宿の黒部川水門で利根川に合流する。
かつては香取市小見川からそのまま北流し利根川に注いでいたが、現在の利根川に沿って東流する部分は、黒部川貯水池として黒部川水門とともに塩害や洪水を防ぐ役割を担っている。この黒部川貯水池では、カヌーやレガッタなどの水上スポーツが盛んで、毎年7月には香取市民レガッタ大会が開催されている。