Helicase-dependent Amplification
Methode der DNA-Vervielfältigung
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Die helicase-dependent amplification (HDA, engl. für ‚Helikase-abhängige Amplifikation‘) ist eine Methode zur Amplifikation (Vervielfältigung) von DNA. Sie ist eine Variante der isothermalen DNA-Amplifikation.[1]
Eigenschaften
Die recombinase polymerase amplification verwendet eine Helikase (TteUvrD, Helikase-Superfamilie II, aus Thermoanaerobacter tengcongensis, jetzt Unterart von Caldanaerobacter subterraneus[2]),[3] ein Einzelstrang-bindendes Protein und eine strangversetzende DNA-Polymerase.[4] Durch die Verwendung einer strangversetzenden DNA-Polymerase kann die Reaktion bei einer konstanten Temperatur von 37 bis 42 °C erfolgen, bei Raumtemperatur verläuft die Reaktion etwas langsamer.[5] Analog zur qPCR kann die HDA auch zur Quantifizierung von DNA verwendet werden.[1] Analog zur Multiplex-PCR können mehrere Sequenzen parallel vervielfältigt werden.[6]
Alternative Methoden zur Amplifikation von DNA sind z. B. die Polymerasekettenreaktion, die multidisplacement amplification, die isothermal assembly, die loop-mediated isothermal amplification (LAMP), nucleic acid sequence-based amplification (NASBA), die recombinase polymerase amplification (RPA), die nicking enzyme amplification reaction (NEAR), die rolling circle replication (RCA).[7] Weitere Nachweisverfahren sind z. B. die nicking endonuclease signal amplification (NESA) und nicking endonuclease assisted nanoparticle activation (NENNA), exonuclease-aided target recycling, junction or Y-probes, split DNAZyme und deoxyribozyme amplification (die beiden letzten Methoden nutzen DNAzyme alies Desoxyribozyme), nicht-kovalente DNA-Katalysen und die hybridization chain reaction (HCR).[8]