Después de que Tassadar destruyera a la Supermente Zerg, el planeta de los Protoss, Aiur quedó absolutamente infestado por crías descontroladas del enjambre. A los Protoss no les quedaba más opción que dejar su venerado hogar. Aldaris, como último miembro del Cónclave, nombró a Artanis Pretor para que liderara a lo que quedaba de sus ejércitos templarios.
Artanis dirigió junto a Zeratul, la huida de Aiur hacia Shakuras, el mundo de los templarios tétricos. Aunque su escape fue exitoso, los Zerg de Aiur lograron colarse en el viaje infectando también el mundo de Shakuras.
Al principio Artanis, veía a los Terran como especies inferiores, sin embargo, luego de pelear contra la flota del DUT, liderada por Stukov, pudo darse cuenta de que en realidad sí estaban a la altura de pelear con los Protoss. Artanis también pecó de inocente al creer en las supuestas buenas intenciones que Kerrigan tenía hacia los Protoss, cosa que Aldaris le reprochaba antes de morir.
Junto a Zeratul, Artanis reunió los cristales gemelos Uraj y Khalis, con los cuales activaron el templo Xel'Naga y erradicaron a los Zerg de Shakuras.
Deseando vengar a los Protoss caídos, Artanis se alió con Mengsk y el DUT, durante una última batalla contra Kerrigan, la cual se desató en la plataforma espacial de Char. La flota de Artanis fue derrotada por los Zerg y no tuvo más opción que huir hacia Shakuras.
Después de la caída de Aiur, la muerte de Raszagal y el retiro de Zeratul en su búsqueda de la verdad, es Artanis quien queda como líder de la raza Protoss, unificando a las tribus tétricas y a los refugiados de Aiur.
Su última intervención fue en la misión emitida por Blizzard, Resurrection IV. En donde junto a Jim Raynor dirigió un asalto a los enjambres del ex Vicealmirante Stukov, el cual había sido infectado por un Cerebrado Zerg. El objetivo de esa misión era secuestrar a Stukov y revertir su mutación con una nueva tecnología Protoss.
