Durante el período de privatizaciones de la presidencia de Carlos Menem, en 1999 se llevó a cabo la concesión por 30 años de la operación del Ferrocarril General Belgrano, siendo ganada por la sociedad Belgrano Cargas. Al momento de su constitución, la sociedad estaba conformada por la Unión Ferroviaria, con el 51 % de las acciones, por la Cooperativa de Laguna Paiva, con el 48 % de las acciones, y el 1 % restante pertenecía al Estado Nacional.[2]
La empresa rápidamente se vio envuelta en problemas, alegando que el Estado no cumplía con el contrato que establecía que el gobierno debía invertir 250 millones de dólares estadounidenses en infraestructura que se encontraba en grave estado.[3][4] Tras una fallida licitación para reestructurar a la compañía, en 2006 el secretario de Transporte Ricardo Jaime declaró el estado de emergencia y la empresa empezó a ser gerenciada por Sociedad Operadora de Emergencia (SOESA), un conglomerado de empresas liderado por Shima, propiedad de Franco Macri y de la empresa china Sanhe Hopefull Grain & Oil, con participación del Grupo Emepa y del Grupo Roggio, y con la participación de sindicatos como la Unión Ferroviaria, La Fraternidad y la Federación de Camioneros.[4][5]
El año de su privatización, Belgrano Cargas transportaba 1,74 millones de toneladas de carga. Para el año 2006, cuando BCSA pasó a ser operada por SOESA, las cargas transportadas no superaban las 600 000 toneladas, una pérdida del 65 %. [5]
En 2008, un decreto dispuso la terminación de la concesión de Belgrano Cargas. En febrero del 2013 la concesión fue intervenida,[6] finalizándose asimismo en abril con el gerenciamiento de SOESA. Ese mes se anunció la reestatización integral del servicio, a cargo de la nueva empresa estatal Belgrano Cargas y Logística.