Bikonta

Algunos estudios filogenómicos^[4][5] y del proteoma^[6] respaldan al clado Bikonta y dan el siguiente resultadoː

Otros estudios no avalan la existencia de un clado Bikonta. Por ejemplo, Adl et al. (2012)^[7] y Burki (2014)^[8] consideran que la raíz de Eukarya podría estar entre Unikonta , Diaphoretickes y Excavata:

Leyendas: [A] Eucariota heterótrofo y flagelado ancestral. [B] Aparición de los cloroplastos por endosimbiosis primaria de una cianobacteria. [C] Adquisición de cloroplastos por la endosimbiosis secundaria de un alga roja. [D] Adquisición de cloroplastos por endosimbiosis secundaria de un alga verde. [E] Flagelos heterocontos. [F] Alvéolos corticales. [G] Surco de alimentación ventral. [H] Fusión triple de genes de la biosíntesis de la pirimidina. [I] Flagelo posterior.

Por otro lado, Cavalier-Smith (2010),^[9] (2013)^[10] y (2014)^[11] sitúa la raíz de Eukarya en Excavata, separando Euglenozoa del resto de los excavados, pues los segundos presentan un surco de alimentación ventral con el apoyo de una raíz de microtúbulos del que carecen los primeros:

Leyendas: [A] Eucariota heterótrofo biflagelado y mitocondrias con crestas planas. [B] Aparición de los cloroplastos por endosimbiosis primaria de una cianobacteria. [C] Adquisición de cloroplastos por endosimbiosis secundaria de una alga verde. [D] Adquisición de cloroplastos por endosimbiosis secundaria de una alga roja. [E] Alvéolos corticales. [F] Fusión triple de genes de la biosíntesis de la pirimidina. [G] Flagelo posterior.

Los estudios filogenéticos más recientes encuentran que Bikonta es un clado parafilético con respecto a los uniflagelados. Se ha propuesto el clado Diphoda para agrupar a la mayor parte de los biflagelados. Las relaciones filogenéticas serían las siguientes:^[12][13]

• Amorphea y Opimoda (otros supergrupos).