Debido a la imprecisión de los registros durante el régimen socialista, se desconoce la fecha exacta de fundación del CAPSAT. Es posible que la unidad, o una que tuviera una función casi idéntica, se estableciera como parte de la reorganización de las fuerzas armadas durante la creación de la República Democrática de Madagascar en 1975; sin embargo, la primera mención explícita del CAPSAT se produjo en la reorganización del ejército el 2 de diciembre de 2003, cuando el CAPSAT, o su predecesor que pasó a llamarse CAPSAT, se reorganizó en el nuevo ejército de la Tercera República de Madagascar.[3][4]
El CAPSAT ha sido un grupo muy poderoso en Madagascar durante varias décadas, debido sobre todo a sus conexiones con las élites empresariales locales y con sectores de la gendarmería, pero también porque los oficiales del CAPSAT ascendían con frecuencia a puestos de mando superiores, extendiendo así la influencia de la unidad a todo el ejército.[2]
Debido al papel que desempeña el CAPSAT, ejerce un control estructural sobre funciones clave del ejército, como la logística y los salarios. Dado que es la CAPSAT la que paga al personal del ejército, se ha ganado la reputación de "hacedor de reyes" de la política malgache.[2]
Su motín, dirigido por el coronel Noël Rakotonandrasana, durante la crisis política en Madagascar de 2009, provocó la dimisión del presidente Marc Ravalomanana y la instalación del alcalde de Antananarivo, Andry Rajoelina, como presidente de la "Alta Autoridad de Transición de Madagascar" tras un golpe de Estado.[5][1] CAPSAT había sido aliada incondicional de Rajoelina, quien a su vez intentó y fracasó en su intento de instalar a leales y aliados en CAPSAT.[2] Debido a este intento de infiltración, a partir de 2020-2021 CAPSAT y Rajoelina tuvieron un desencuentro, y CAPSAT "se cuestionó si [sus intereses y los de Rajoelina] coincidían".[2]
El CAPSAT dio un golpe de Estado el 14 de octubre de 2025 y su actual comandante, el coronel Michael Randrianirina, se convirtió en presidente interino de Madagascar, aunque el presidente Andry Rajoelina se lo disputó.
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