El origen del colegio se encuentra en la década de 1610 cuando se buscaba la fundación de otro colegio jesuita, que sería el tercero tras las fundaciones del colegio Massimo o del Gesú Vecchio (1554) y de San Ignacio en el Mercado (1618). Gracias a las donaciones realizadas por Catalina de la Cerda y Zúñiga, esposa de Pedro Fernández de Castro y Andrade, VII conde de Lemos y virrey de Nápoles[2] desde 1610 a 1616, y por el jesuita Antonio Cicala, el colegio abriría sus puertas en 1621.[3] Desde entonces se consideró que sus patronos y fundadores fueron el ya fallecido Pedro Fernández de Castro y Andrade, VII conde de Lemos y su esposa Catalina.
El colegio fue identificado desde sus inicios como colegio de los nacionales de España. Además, por su alto patronazgo y cercanía al palacio real de la ciudad, residencia de los virreyes, en palabras de Ida Mauro, el colegio:[4]
il collegio della nazione spagnola finiva per mostrarsi (per la sua posizione ad angolo tra via Toledo e la strada che conduceva a Castelnuovo) come l’istituzione religiosa più vicina, quasi una sorta di chiesa di palazzo.
(en español, El colegio de la nación española acabó por mostrarse (por su ubicación en la esquina entre la calle Toledo y la calle que conducía a Castelnuovo) como la institución religiosa más cercana, casi una especie de iglesia de palacio).
El edificio que albergaba la institución, con especial mención de su iglesia, fue ricamente decorado a lo largo del siglo XVII y principios del XVIII en estilo barroco.
El colegio desaparecería con la expulsión de los jesuitas del reino de Nápoles en 1767. El colegio pasaría a ser conocido como colegio real de San Fernando o Regie Scuole di San Ferdinando, en honor al monarca de Nápoles en el momento de la expulsión, Fernando IV. En la actualidad se conserva la iglesia del colegio bajo el título de San Fernando.