COMATI estará administrada por un consejo de administración, una dirección general y un comisario. El Consejo de Administración estará integrado por la titular de la Presidencia Municipal, la titular de la Secretaría de Administración y Finanzas, la titular de la Secretaría de Desarrollo Urbano y Ecología, y dos representantes de la iniciativa privada. Además deberá estar presente el contralor municipal, aunque de forma honoraria, con voz pero sin voto.
La persona titular de la Dirección General será designado por el Consejo de Administración, mientras que el comisario, será nombrado por parte del síndico procurador.
Así como en su versión anterior, la comisión cuenta con subdirecciones, coordinadores de área y jefaturas de unidades administrativas.
| Subdirección o unidad |
Departamentos |
|---|
| Subdirección de Planeación |
Organización y métodos |
| Control y distribución central |
| Evaluación y control |
| Planeación de la operación |
| Subdirección de Operación y mantenimiento |
Mantenimiento de redes |
| Control operaciones |
| Electromecánico |
| Agua potable |
| Subdirección de Saneamiento |
Control de descargas |
| Tratamiento |
| Alejamiento y mantenimiento |
| Subdirección de Construcción |
Proyectos |
| Obras |
| Licitaciones |
| Subdirección Comercial |
Micromedición |
| Asistencia de usuarios |
| Padrón de usuarios |
| Cobranzas |
| Sub-recaudación de rentas |
| Promoción de obras |
| Subdirección Administrativa y financiera |
Recursos Humanos |
| Recursos Financieros |
| Suministros |
| Mantenimiento a maquinaria e instalaciones |
| Unidad de Informática |
Desarrollo de sistemas |
| Administración de sistemas |
| Soporte técnico |
| Unidad de Auditoría |
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| Unidad Jurídica |
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| Unidad de Desarrollo Institucional |
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