La mañana del 17 de septiembre, el Alabama se dedicó a la persecución de otro ballenero de New Bedford, el Virginia. Fue alcanzado al mediodía e incendiado. El 18 de septiembre, con un viento de fuerza casi de vendaval, el Alabama persiguió al Elisha Dunbar. Ambos barcos llevaban sus velas de juanete, aunque los mástiles se doblaban y amenazaban con caer por la borda. En tres horas, el Alabama se había acercado lo suficiente como para estar a tiro de cañón. Se arriaron las velas apresuradamente en ambos barcos. El capitán del Alabama Raphael Semmes dudó un poco en lanzar los botes en un mar tan picado, pero temía que el vendaval arreciara y que el ballenero presa escapara durante la noche. El Alabama se posicionó a barlovento de su objetivo, de modo que las tripulaciones de los botes pudieran remar con el viento y las olas, y se lanzaron dos de los mejores botes, alcanzando la cubierta del Dunbar a salvo. El Alabama entonces rodeó la presa, poniéndose a sotavento, para que las barcas con tripulantes pudieran regresar con el viento a favor. El capitán y la tripulación del Dunbar recibieron la orden de subir a los botes, y rápidamente, prendiendo fuego al barco y las tripulaciones de las barcas con sus prisioneros abordaron el crucero sin incidentes. Estalló la tormenta y los truenos y relámpagos añadieron su magnificencia a la sublime escena.[6] El fuego ardía con demasiada intensidad como para que la lluvia lo afectara. Finalmente, los mástiles cayeron por la borda y solo quedó el casco, que se balanceó de un lado a otro hasta casi llenarse de agua, para luego hundirse en las profundidades del océano. Este fue el único barco que el capitán Semmes incendió sin revisar sus papeles de documentación, pero como el Elisha Dunbar era un ballenero, había poco riesgo de que se quemaran bienes pertenecientes a un propietario neutral.[4]
El mal tiempo puso fin a la temporada ballenera algo antes de lo habitual.[6] Del 19 al 23 de septiembre, el Alabama navegó constantemente con las velas rizadas y, con viento del norte, derivando hasta el paralelo 34, en una zona del océano relativamente poco frecuentada sin vislumbrar barco alguno. Durante este temporal, los prisioneros sufrieron inevitablemente algunas incomodidades y tuvieron que soportar ciertas penurias. Los prisioneros fueron puestos en la toldilla del Alabama o en la zona de sotavento con grilletes.[7] El Alabama navegó hacia el oeste. Como los cañones del vapor estaban disparados, no se podían cerrar las escotillas laterales, y cuando el mar estaba algo picado o el barco se balanceaba, el agua entraba continuamente por ambos lados e inundaba a los prisioneros en la cubierta, de modo que tenían los pies y la ropa siempre mojados, ya fuera por el agua de abajo o por la lluvia de arriba. La comida consistía en carne de res y cerdo, arroz, frijoles, té, café y pan.[8]